Se ad es. hai due dischi (non importa che uno sia raid, perchè in questo caso sarebbe un raid fisico trasparente al sistema operativo) e il disco avviabile è 1: ma installi il so sul disco 2: e poi dici al bios di far partire il disco 2: il so non si avvia perchè nell'installazione il mbr utilizzato per il boot è quello del disco 1:
Se hai installato i due so nei due dischi indipendentemente l'uno dall'altro staccando quello che non usi, allora la priorità data al bios prevale sempre e i due dischi potranno partire indipendentemente l'uno dall'altro.
Veramente è più facile a dirsi che a afrsi, anche perchè in teoria non sono una cima...