Se escludiamo il fatto che praticamente non mi ricordo più niente di specifico su JMF, la faccenda è semplicissima.
Prendi la webcam, apri il flusso video, lo disegni su un buffer (BufferedImage), copi quel buffer su un componente swing e ci disegni sopra o sotto, come preferisci.
Oppure, ancora più semplice, usi un Panel con un layout di tipo OverlayLayout. OverlayLayout consente di sovrapporre dei componenti. Sotto ci metti il Component del Player collegato alla webcam, sopra un Component personalizzato che, sovrascrivendo il metodo paint (siamo in AWT), disegna quel che vuoi sopra al flusso video.
Oppure puoi usare un FrameGrabber e un BufferToImage per ottenere degli "snapshot" della webcam da usare durante la calibrazione.
Insomma, hai un tot di alternative. Io proverei prima quella dell'OverlayLayout.
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