Dovresti innanzitutto cercare di capire qual è il disco, magari staccando il disco secondario ed avviando con quello dove c'è il SO
Se il rumore è un "grattare" non credo ci siano eccessivi problemi a parte che magari con il tempo è diventato un po' più rumoroso
Eventualmente fai i test dei dischi e verifica se vengono segnalate anomalie
http://www.hwupgrade.it/forum/showthread.php?t=623884