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In che modalità lo connetti al pc?
Ho notato che tendono a farlo gli hd esterni USB o eSata che non sono correttamente disconnessi alla chiusura del sistema.
Per gli eSata i driver del chipset potrebbero proporre varie opzioni: ad es. il controller Jmicron ha un driver specifico per eSata e uno per uso dell'HD come interno e succede che con il primo, facendo un reboot, il drive esterno viene proprio spento, mentre col secondo no, sicchè la scheda madre al riavvio deve aspettare che l'HD riparta proprio.
Altra ipotesi in cui mi è capitato con hd usb è passando da Windows a Linux. Mi pare di aver letto in giro che Windows li deve sempre "chiudere" altrimenti ci sono problemi.
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