Beh, il motivo è semplice: le modifiche dei file sono pensate per essere effettuate direttamente da iTunes, soprattutto dei Tag.. e non vedo xk non effettuarle direttamente da lì.. o ho capito male io la tua domanda?
Avere poi due cartelle con la musica non ha molto senso: setta iTunes xk legga quella tua predefinita, e fagliela gestire..