Non ho capito bene il discorso della chiavetta usb, ma se vuoi installare virtualizzare puoi usare virtualbox, vmware o virtualpc. Tutti lavorano con un hard disk virtuale cioè un file sull'hard disk vero e non toccano in nessun modo il tuo MBR reale.
Io in genere uso virtualbox che è gratuito e opensource.
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