Parli di una fattura di "acquisto", giusto?
In questo caso se non l'hai data al tuo commercialista, ovviamente, quest'ultimo non ha provveduto a registrarla in contabilità. Di per sé, trattandosi di una fattura di acquisto, sarebbe un danno solo per te che non hai detratto l'IVA. Tuttavia hai detto che c'è anche la ritenuta d'acconto. Questo può essere un problema.
Se hai già provveduto a saldare la fattura, il sedici del mese successivo al pagamento dovevi pure versare la ritenuta. Se la ritenuta non è stata versata* puoi rimediare ora versando la ritenuta, oltre a sanzioni ed interessi. Con il nuovo decreto anticrisi, le sanzioni sono state ridotte al 2,5% se il pagamento avviene entro 30 giorni, oppure al 3% se il pagamento avviene (nel tuo caso), entro il termine di presentazione del modello 770 per il 2008. Vanno poi aggiunti gli interessi calcolati in ragione del 3% annuo sull'importo del versamento omesso.
Se invece la fattura è del 2007 (oppure se è di competenza 2007, anche se emessa nel 2008) il discorso potrebbe complicarsi.
Ma perché non chiedi direttamente al tuo commercialista, visto che ce l'hai?
*L'obbligo di versamento della ritenuta è indipendente dalla registrazione in contabilità. Tuttavia immagino che il commercialisti si occupi anche della redazione (e forse anche del pagamento per tuo conto) delle deleghe F24.