Mi è venuto un dubbio: forse ho capito male?
Non è per caso che tu volevi semplicemente gestire i due tracciati come unico oggetto?
In questo caso, se così fosse, non devi eseguire nessuna operazione di sottrazione, ma devi semplicemente raggruppare i due tracciati.
Selezioni entrambi i tracciati e li raggruppi con CTRL+G (Windows) o MELA+G (Macintosh).
Sappimi dire quale delle due soluzioni ti occorreva (quella sopra o questa). Ciao!