Bhè per quel poco che so (non sono assolutamente un guru

) quando con partition magic vai a creare la partizione per linux non ti conviene proprio farla già ext2, infatti a questo ci pensa già linux. Non ricordo il nome dell'opzione di part magic, ma se non sbaglio il tipo vuoto era unused ( o comunque quello grigio).
Così ti crea la partizione che linux porterà nel suo file system tipo.
Per quanto riguarda boot magic, io non l'ho mai usato, e personalmente non credo sia utile, giacchè pensa a tutto lilo una volta installato, e va messo proprio nella partizione linux.
Ciao