Bene, almeno questa volta non sono io che faccio il pignolo...
In ogni caso il cambio del tipo di file system non comporta il danneggiamento dei cluster, anche se non è da eseguirlo a livello di sport nazionale

Quello che può essere successo è che alcuni indirizzi si sono danneggiati durante il "trasloco"
Il problema si può risolvere utilizando le utility fornite dal costruttore e, qualora non sufficiente, operando una formattazione a basso livello
Consiglio: non cambiate il file system se non ne avete la necessità e comunque la soluzione più pulita è sempre quella di reinstallare da capo