Io inizierei con gentoo, se vuoi capire come funzionano le cose in linux non c'e' modo migliore di partire da zero e arrivare al tuo os formato in base alle cose che leggi in giro e che ti interessano. In 5 giga ci sta' quello che vuoi con gentoo. Se vuoi provare a smanettare con linux ti consiglio ubuntu, ma se vuoi approfondire per conoscenza vai su gentoo, inizia da qua'
http://www.gentoo.org/doc/it/handbook/handbook-x86.xml