VLC ha i suoi codec proprietari e usa quelli, Windows media player usa invece quelli dell'OS, come diversi altri players.
Qualche settimana fa avevo fatto ricerce su qualche forum/blog esteri, e a quanto dicono il pacchetto completo di codec per Vista che sembra più stabile è quello che si chiama "Vista Codec Package", che puoi scaricare da
qua. Il K-lite di solito è soggetto a frequenti updates, perchè tende ad incorporare sempre l'ultimissima versione di alcuni codecs, ma questo spesso porta a qualche problema, ed infatti è successo che a distanza di poco tempo venisse rilasciata poi una nuova versione con codec sostituiti alla versione precedente.
Ho installato il package che ti ho indicato, e per adesso non ho avuto alcun problema. Anche la procedura di installazione è standard, e molto semplice

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NOTA: prima di installare i Vista Codec Package, devi rimuovere l'altro pacchetto di codecs che avevi installato, tramite il suo tool di rimozione (se presente) oppure tramite Windows.