veramente a me in fase di installazione mi fa scegliere solo dove installare, non ho mai visto ke si potessero creare partizioni...
Cmq su un hard disk puoi fare max 4 partizioni, di cui una sola estesa (quuindi max 4 primarie o 3 primarie e 1 estesa), purtroppo fdisk (di win naturalmente non di linux

) ti permette di farne una sola primaria (non so pkè), ti spiego come ho fatto io ke ho :
1 partizione primaria NTFS (win2k)
1 partizione primaria fat32 (win98)
1 partizione primaria fat32 (x salvare dati in caso formattone)
altre partizioni x UNIX
Allora:
avvio il pc da disketto dos e avvio fdisk
annullo tutta la tabella delle partizioni
ne creo una primaria in fat32 (anke se mi servirà per win2k) lasciando tanto spazio non allocato

riavvio con l'installazione di win2k scelgo di installare nella partizione fat32 (e non nello spazio non allocato) la formatto NTFS (ricordati ke per usaretutte le caratteristike di sicurezza DEVE essere NTFS)
avvio win2k e da gestione disco creo tutte le partizioni ke voglio come voglio

riavvio e installo win98 nella partizione fat32 intanto avevo predisposto.
Unico inconveniente e ke facendo così per aggiungere win98 al bootloader devo usare il prog BOOTPART ke ripeto è freeware ed è semplicisiimo da usare (30 secondi di lavoro)
Spero di esserti stato utile

fammi sapere come fai alla fine
ps:ricordati sempre del cilindro 1024 oltre il quale il bootloader non legge