Allora, se il programma sta o meno nel jar non c'è differenza su come accedere alle risorse
C'è però un modo diverso di accedere alle risorse se queste sono o meno nel jar, però non ti so dire come. Nel tutorial c'è cmq un trail apposta.
Riepilogando, usi codice diverso se le risorse a cui devi accedere stanno o meno in un jar, non importa dov'è il codice. (.....almeno spero sia così

)
Io il file di config l'ho sempre usato al di fuori del jar, ma a dire la verità dentro è un pò meno accessibile, dovrebbe essere meglio no?
D'altronde un utente può sempre cambiare la config dal programma!
Per quanto riguarda l'avviso sulle dispense.....non è per niente una regola del Java! Se il prof vuole così, beh

, ma funziona tutto anche con un percorso relativo (ad esempio: "../../programmi/accessori/porcaloca.txt")