Ciao. Mi è venuta in mente un'altra idea.
Sempre con la powershell potresti crearti un file di testo contenente l'elenco dei file di ciascuna unità.
Una volta che hai i due elenchi ti scarichi ultracompare
http://www.ultraedit.com/
carichi i due file di testo e ti verranno evidenziate in rosso tutte le differenze.
Per creare l'elenco dei files delle due unità usa questo comando dopo esserti posizionato tramite shell alla radice di ciascuna
gci -recurse | ? {!$_.psiscontainer} | ft name -hidetableheaders | out-file c:\elenco1.txt
Ripeti l'operazione per la seconda unità, mettendo come file di destinazione ad esempio elenco2.txt e infine dai i due file in pasto a ultracompare.
edit. Un'ultima cosa. Se vuoi esportare in file di testo l'elenco dei file il cui percorso completo eccede la lunghezza di 255 caratteri fai così
gci -rec | ? {!$_.PSIsContainer -and (($_.fullname).length -gt 255)} | ft fullname -hidetableheaders | out-file -width 350 c:\lunghi.txt
Se anzichè il percorso completo ti basta il nome dei file sostituisci fullname con name dopo ft.