[Alex_e_Basta]

Ci sono alcuni filtri di VDub (DeLogo) e di Avisynth (XLogo) che "provano" a fare quello che ti serve, ma implicano una ricompressione del video con conseguente perdita di qualità (+ o meno grande in funzione di come è stata fatta la compressione iniziale).
Ho detto che "ci provano" perchè i risultati non sempre valgono gli sforzi fatti in quanto al posto del logo viene inserita una interpolazione dei pixels che stanno al contorno e quindi un alone + o - visibile rimane sempre.
Se il logo non è troppo evidente forse ti conviene tenertelo ...
Forse con programmi + professionali i risultati sono migliori, ma in questo campo, sono "out".