Io farei così:
Il form deve avere un array (o almeno, consideriamolo tale

) di checkbox, quindi
Codice HTML:
<input type="checkbox" name="opzione[0]" value="valore1" /> Opzione 1
<input type="checkbox" name="opzione[1]" value="valore2" /> Opzione 2
<input type="checkbox" name="opzione[2]" value="valore3" /> Opzione 3
etc...
Lato server potresti fare:
Codice PHP:
$stringa_db = "000"; //Considero 3 posizioni, tu mettine quante ne servono
foreach($_POST['opzione'] as $k => $v) {
$stringa_db{$k} = '1';
}
A questo punto avrai la tua stringa da inserire nel DB