[fabri00]

Hai "smurato" anche le lamelle del dissipatore ?
Quello è il punto più critico di un portatile di solito, perchè gli spazi fra lamelle sono stretti, e si chiudono facilmente con la polvere; la ventola e la presa d'aria sono meno critiche.

Occhio anche a come hai rimontato il dissipatore: da come descrivi il problema sembra o che cia sia troppa pasta, o che il disipatore non sia stretto abbastanza sulla cpu.
Specialmente se il dissipatore tocca diversi componenti oltre alla cpu, è un attimo perdere la planarità del contatto termico.