Dovresti vedere di quanto "divergono" i risultati. Se la differenza è piccola può essere che il programma ha impostazioni diverse nell'arrotondamento dei valori.
Se il tuo è un codice che, ad esempio, effettua un gran numero di cicli iterati allora un cattivo arrotondamento dei valori si moltiplica con effetti non tanto piacevoli alla fine del tutto

! Quindi punterei prima alle impostazioni di calcolo diverse del programma prima di vedere i proci