Credo tu debba modificare il /boot/grub/menu.lst
mi sbaglierò ma dovresti mettere come root hd0,6 però prima di modificare controlliamo se è vero.
Da terminale digita il comando
si aprirà la consolle di configurazione di grub, a questo punto digita il comando
e controlla l'output quella è la partizione da impostare come root in /boot/grub/menu.lst