La differenza imho č risibile, ed č imputabile al dover avere 2 copie di ogni DLL di sistema, una a 64bit e una a 32bit. Nel momento in cui si lanciano due programmi, uno x64 e l'altro 32bit, che usano la "stessa" libreria, windows deve caricarle entrambe.
Ma per quanto riguarda l'esecuzione pura di codice, non cambia nulla.