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Non è necessario preoccuparsi di virus in GNU/Linux, per molti motivi (eterogeneità, diffusione ridotta, utilizzo più saggio degli utenti che NON è necessario disattivare -> vedi UAC-Vista, ecc...).
Esistono rootkit, ma sono attacchi che implicano di solito una certa premeditazione (un cracker deve puntare proprio il tuo pc...). É anche molto difficile che ti possa capitare per sbaglio di installarne uno con le tue mani, visto che il 99% del software che installerai arriverà dai repository, il che ne assicura quasi sempre la non malignità.
Un firewall ha già più senso, ma potresti aspettare ad imbarcarti nel firewalling: se non installi servizi potenzialmente pericolosi (ad esempio ssh mal configurato) i rischi sono praticamente nulli.
Inoltre in caso di firewall imperfetti potresti trovarti di fronte ad errori di comunicazione scarsamente comprensibili, che non creerebbero altro che vane invocazioni a qualche divinità...
Per quanto riguarda la possibile interazione tra Win e Lin non è cosa di cui preoccuparsi: quando avvii Ubuntu Win non è proprio in esecuzione (e viceversa, naturalmente).
Wubi usa un grosso file proprio come se si trattasse di una partizione e si integra nel boot.ini (o nel nuovo bootloader di Vista) in modo tale da toccare il meno possibile le parti delicate del disco.
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