Si, anche se ciò potrebbe avere delle ripercussioni in futuro legate al fatto che il disco di sistema diventa d:.
Ciò ti lega al non poter cancellare la partizione c:, altrimenti windows non riuscirebbe più a trovare i rimandi alle directory di sistema e dei programmi oltre al boot.ini e ad altri file di sistema (a titolo di esempio vedi
qui) che rimangono su c:.
A mio avviso sarebbe meglio effettuare i salvataggi di ciò che interessa sulla seconda partizione e quindi procedere a formattare la prima.
Comunque funziona anche come dici tu.