Se usi una distro che ce l'ha già preinstallato non devi preoccuparti di niente, funziona in modo silente senza che l'utente se ne accorga (a patto che le policy siano scritte correttamente).
Configurarlo personalmente invece è piu complesso, pero permette di creare configurazioni molto sofisticate.
Questa è una buona guida:
Red Hat SELinux Guide
Anche questo è interessante:
Role-based access control in SELinux
Su Fedora ci sono dei programi grafici con delle procedure guidate per creare nuove policy, con quelli è un po più semplice, anche se sono ancora in fase di sviluppo.