cmq i programmi in x64 (sono ancora relativamente pochi) riconoscono da soli program files.. semmai sono i programmi in x86 che a volte possono avere la cartella predefinita in program files invece che in program files (x86).. per il resto non ci sono problemi.. cmq al 90-95% dei casi i programmi vengono reindirizzati nella cartella giusta da parte del sistema..
@Harporocks: te non cancellare nulla, se ci sono dei doppioni i motivi ci saranno no?

Lo spreco di memoria di sistema è nullo, è solo qualche mb in più su disco.. e sti mb servono, non sono messi li a caso e cmq i programmi non sono identici come codice, che alla fine siano li stessi o meno a livello applicativo..