Infatti non pialla nulla se non dici esplicitamente all'installer di formattare, è la soluzione migliore (e anche la più sicura) avere una partizione a parte per la /home.
Tra l'altro così facendo, se un domani si volesse cambiare distro non si perderebbero i propri dati (e nemmeno le impostazioni se si tratta solo di un re-install della stessa distro).
Comunque sia Ubuntu che Slackware permettono tranquillamente di assegnare i punti di mount in fase di installazione. Se proprio la Slack dovesse fare di testa sua (ma sono quasi sicuro che non accadrà) si può sempre risistemare l'fstab dopo.