ma non è che magari stai tentando di formattare il disco su cui c'è la partizione attiva, ovvero il disco con dentro il tuo sistema operativo? perchè in tal caso, non puoi effettuare una formattazione da Windows, ma devi formattare da esterno.. ad esempio, con il cd di installazione dello stesso Windows
se è così, in pratica tu stai cercando di eliminare dalla faccia della terra qualcosa che è attualmente in esecuzione, cosa non permessa per fortuna
se invece non fosse così, prova comunque con il CD di Windows a formattare il secondo disco di cui si parla