Ti consiglio sqlYog.
http://download.html.it/software/vedi/2355/sqlyog/
E' una gui gratuita e ti consente di effettuare con semplicità il backup dei tuoi database.
Se invece vuoi smanettare dal prompt dei comandi esiste il comando mysqldump
Qui trovi maggiori dettagli
http://www.devshed.com/c/a/MySQL/Bac...ySQL-Database/
altrimenti consulta il sito ufficiale di mysql.