Non penso di essere un guru ma uso mysql da parecchio. Con l'hw sei sicuramente ok. Magari potresti pensare ad un raid x il backup. Punterei sulla quantità di ram se prevedi grossi carichi di lavoro o di usare cluster 99.99999% o ancora le tabelle referenziali InnoDB che occupano molto di + delle myisam (
http://it.wikipedia.org/wiki/InnoDB ). Penserei anche ad usare un file system come ReiserFS che dovrebbe darti maggiore velocità. Per la distro, io suggerisco sempre debian sia come desktop che server magari con un bel kernel ricompilato ad hoc soprattutto x un server che deve essere stabile. Togli sicuro l'interfaccia grafica tanto puoi amministrare da remoto. Se vuoi partire da una distro con reiserFS gia su penso ci sia opensuse.