[Flender76]

Allora, la mb ha i 4 connettori neri che sono del controller nVidia mentre i 2 rossi (quello interno e quello sul pannello posteriore) che sono del controller silicon.
Se attualmente hai l'hd di sistema su nvidia, e lo sposti sul controller rosso silicon, non dovrebbe cambiare nulla (controlla cmq che il silicon sia attivato da bios).
Ti conviene metter l'hd singolo sul silicon perchè altrimenti se ci fai il raid lì dovresti tenere un hd esterno dato che la seconda porta è esterna e tra l'altro potrebbe darti problemi, ma cmq in generale ti conviene anche perchè se poi in futuro prendi altri 2 dischi potresti passare da un raid 0 oppure 1 che fai ora ad un raid 0+1 che oltre ad essere più veloce è anche più sicuro.
Onestamente non so dirti se mettendo il raid su due porte del nvidia e il raptor su lla terza, ti possa dare problemi.