Le varie differenze tra FAT32 e NTFS non sono la causa di un hard disk che non funziona... o almeno non per come hai descritto tu i problemi...
Il peggio che ti può capitare è che se un hard disk esterno è formattato in FAT32, non puoi mettere file che pesano singolarmente 4GB. Un file in FAT32 ha il limite a 4GB.
Cmq se un hard disk è in FAT32 non sei obbligato a formattarlo per passarlo in NTFS ma puoi usare il comando convert.
Basta che apri una finestra msdos o vai anche su start esegui e scrivi:
convert Y: /FS:NTFS /X dove al posto della Y devi mettere la lettera dell'hard disk esterno.
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