Sarebbe meglio splittare il file in 2 parti.
Posso segnalarti questo software per operare lo split, che è il primo che risulta su google:
http://www.***************/splitfile_index.php
Una volta diviso il file in 2 parti puoi copiarle sul pendrive e con questo programma stesso riunire le 2 parti sul computer di destinazione.
Per quanto riguarda la conversione del file system del pen drive, credo non sia una cosa conveniente. Ho visto da più parti che è sconsigliabile farlo.