dopo aver configurato il kernel basta il comando "make" successivamente "make modules_install"
a questo punto hai compilato il kernel e i moduli in modo corretto, non ti resta che copiare l'immagine del kernel da /usr/src/linux-2.6.13.1/arch/i386/boot/bzImage in /boot e modificare /boot/grub/menu.lst.
questa č la procedura manuale in alternativa segui qui:
http://www.howtoforge.com/kernel_compilation_ubuntu