Codice:
iptables -P INPUT ACCEPT
iptables -P OUTPUT ACCEPT
iptables -P FORWARD ACCEPT
Così setti le impostazioni base per iptables
poi devi togliere tutte le regole dalle chain:
iptables -t filter -F
e per essere proprio pignoli rimuovere tutte le chain non di default
iptables -t filter -X
ora il tuo sistema è completamente aperto per quanto riguarda iptables.
ci sarebbero anche nat e mangle da resettare ma dubito che su un sistema desktop siano utilizzate.