[PGI-Bis]

Quello che si potrebbe fare ma NON SI FA è specificare il percorso completo. Ora tu usi un percorso relativo ma potresti benissimo dire:

new FileReader("c:\\Programmi\\applicazioni\\file.txt");

Non si fa per un paio di miliardi di motivi. Tra questi il più importante è la dipendenza che crei tra il tuo programma ed un fatto accidentale: l'esistenza di quel file in quel punto del filesystem.

Una soluzione è usare un file di configurazione per immagazzinare il percorso di quel file. Ogni volta che il file di configurazione non contiene il percorso di quel file oppure il percorso contenuto si rivela invalido chiedi all'utente di specificare, tramite JFileChooser, quale sia il percorso del file da usare, eventualmente suggerendo quella che dovrebbe essere la sua posizione tipica.