Ho trovato il problema oggi, ti ringrazio!
Praticamente era colpa di un metodo che attivava e disattivava alcune action condivise (eh, se non sarebbero action!). In pratica le disattivava quando il file non era ancora stato aperto nell'editor e dopo li riattivava. Il problema è che nel dialogo di creazione nuovo progetto poi non funzionavano copia, incolla e taglia all'interno dei JTextField.
Ho risolto facendo un controllo che riattiva le action prima di mostrare il dialogo e poi le ripristina allo stato precedente una volta che viene chiuso. Trattandosi di dialogo modale non vi sono problemi.
Quindi era colpa mia!
Ora però ho un problema ben più complesso da risolvere!
Devo gestire l'undo relativamente a gruppi di modifiche sul document dell'editor.
In pratica utilizzo il metodo replace sul document dell'area di testo per rimpiazzare un testo normale con un testo con attributi (classe AttributeSet) personalizzati più uno per la sottolineatura. Il problema è che l'undo è gestito per ogni singola operazione atomica di modifica sul document e invece la replace non è atomica ed esegue due operazioni (prima elimina poi mette il testo nuovo).
Sto guardando il javadoc delle varie classi di gestione del sistema undo ma ci capisco sempre meno e non ho ancora trovato documentazione o tutorial pratici che spieghino come utilizzare undo/redo su comandi composti.
Comunque mi sa che sono andato un tantino off-topic!