Se vuoi dedicare l'intero secondo disco a linux non devi nemmeno preoccuparti di ridimensionare le partizioni windows.
Prima di tutto accertati della piena salute del sistema Windows con scandisk e defrag, poi backuppa i dati personali (documenti e progetti che potresti perdere se hai molta ma molta sfortuna).
Dopo queste azioni di estrema precauzione puoi partire con l'installazione; dovrai fare due scelte importanti per il destino dei tuoi dischi fissi:
- quando ti chiederà quale disco utilizzare dovrai riconoscere con certezza il secondo disco
- scegliere se lasciar fare le partizioni un po' a spanne all'installer o dimensionarle per conto tuo (documentazione approfondita riguardo il partizionamento manuale)
Per avere un'idea di ciò che ti troverai davanti installando Ubuntu da live cd consiglio questo link.
Puoi invece trovare un'introduzione generica riguardo il mondo *buntu a questo indirizzo.
Non posso dirti nulla riguardo Knoppix prchè non ho esperienze in materia.