Ciao,
penso che il tuo problema sia semplice, se ho capito bene quello che hai fatto...
Penso che tu abbia formattato il tuo discone esterno usb con filesystem ext3 e Vista naturalmente non riconosce quel tipo di file system.
Secondo me ti conviene rifare l'installazione e fare solo una partizione da 10 o 20 Gb per linux e il resto formattalo con Vista in ntfs vedrai che cos' funza..
tanto cmq da linux puoi vedere le partizioni ntfs..
Spero di esserti stato utile
Ciao