In linea generale non ti so dire, se si tratta di immagini puoi usare
Uniquefiler
http://www.uniquefiler.com/
E' un programma semigratuito, non è stato proseguito lo sviluppo, ma funziona (preferisco la versione vecchia)
Trova immagini doppie anche se di dimensioni diverse e anche se modificati i colori
Trova anche falsi positivi, soprattutto in immagini di disegni, però basta lasciarli stare
