Non è assolutamente vero che copiando un file si creano chiavi di registro
Le chiavi di registro servono per registrare eventi di registrazione di componenti (installazione) o l'impostazione di configurazione dei programmi. Se non cambi nessuna delle due cose (non installando o non riconfigurando) il registro non cambia. Inoltre, per poter cambiare il registro devi avere il potere dell'amministratore, quindi appare la finestra di conferma dell'UAC, se non appare niente modifiche al registro.
IMHO sei un po' troppo preoccupato per questa storia del registro che è una boiata. L'unico "pulitore" che uso io è DriverSweeper (per i drivers video) e su vista funziona benissimo
Ciao