Per amule è sufficiente installare amuled + amuleweb (consiglio amule 2.2 cvs), trovi tutto nel wiki di amule. Per bittorrent puoi sempre avviare i download da ssh e poi demonizzarli con screen, oppure c'è sempre torrentflux o il suo fork torrentflux-b4rt
http://tf-b4rt.berlios.de/