I "trattini" sono la rappresentazione dei legami molecolari. Coppie di elettroni (provenienti dalla configurazione esterna) condivise tra i vari atomi. Però il fatto è che non è possibile isolare e descrivere la traiettoria di un singolo elettrone nello spazio. Potremo solo immaginare delle nuvole elettroniche attorno ai vari nuclei. Delle regioni di spazio identificate da funzioni matematiche parametriche molto complesse che descrivono la probabilità di trovare nella suddetta regione l'elettrone con una probabilità del 90% almeno. I "puntini gialli" che saltano sono la rappresentazione delle configurazioni elettroniche che sono generate in maniera casuale dagli algoritmi QMC. Queste sono utilizzate per l'integrazione Monte Carlo dell'equazione da risolvere..
Non so se è chiaro. Ho provato a spiegartelo con parole mie.. Altrimenti ti cerco dei links..
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