Dovrebbero esserci due cartelle da includere, una è quella che contiene l'header jni.h e l'altra... altra roba che varia da sistema operativo a sistema operativo. Le due cartelle sono in:
...\jdk\include
...\jdk\include\nome del sistema operativo
Oltre a questo credo che occorra specificare altre trentamila opzioni, perchè... be', è gcc