Nessuna rottura figurati, anche se non sono molto ferrato
Allora ad occhio direi che il problema sono i codec, evidentemente quei filmati che non riesci a convertire sono fatti con codec che tu non hai installati, Vlc li legge perchè ha i codec integrati (se non mi sto confondendo) ma ffmpeg e anche gli altri player si appoggiano a code esterni, e non avendo quelli per i filmati in questione ciccia.
hai seguito le varie guide per installare tutti i codec possibili immaginabili, presenti, passati, futuri e degli universi paralleli?