Problemi del genere sono riconducibili a problemi di dns. Ma così è difficle dirlo.
Essendo un vecchio dominio 2000 e non avendo restrizioni io opererei come qualcuno ha detto sopra eleggendo il 2003 a dc, spostando i ruoli e il global catalog sul 2003 e aspettando la replica della directory. Poi toglierei il vecchio dc.
Poi il 2003 supporta il cambio del dominio al volo senza dover reinstallare tutto e senza perdere i dati delle directory.
admt è sempre un bagno di sangue...
ciao