Per installarli li puoi installare tranquillamente (io ho installato codec vari sulla live per vedere come se la cavava).
Per quanto riguarda il dove li installi onestamente non ne ho idea, ma non credo sull'HD perchè quando ho provato la Live sul mio desktop tutto l'HD era NTFS.... comunque credo installi il tutto semplicemente nel driver virtuale che crea in RAM.
Comunque vai tranquillo, non ci sono problemi e non sovrascrivi nulla