io uso ext3 su linux e ntfs su windows, in questo modo da linux posso accedere in lettura/scrittura su ntfs con i driver ntfs3g (che se hai ubuntu o kubuntu si installano e configurano con un click), mentre da windows uso questi
http://www.fs-driver.org/download.html per vedere/leggere/scrivere la partizione ext3 come tutte le altre di windows