Il programma che usi non c'entra. E' una limitazione legata alla struttura dei files AVI. Si può effettuare un taglio solo in corrispondenza di un fotogramma chiave, perché i "key frames" sono gli unici ad essere salvati integralmente. Gli altri fotogrammi sono "virtuali", se così possiamo dire, ovvero memorizzati solo in parte e "ricostruiti" in fase di riproduzione.
Quindi, se vuoi fare dei tagli precisi, l'unica possibilità che hai è quella di ricomprimere integralmente la traccia video, modificando le impostazioni relative ai "key frames" (in pratica bisogna aumentarne il numero). Tuttavia, se si aumenta il numero dei fotogrammi chiave è necessario aumentare significativamente anche il bitrate video (quindi il file aumenta di dimensioni), altrimenti la qualità dell'immagine decade notevolmente.
Se vuoi fare qualche prova di ricompressione, la procedura è descritta qui:
http://www.divxdoor.it/index.aspx?pa.../vdubdivx.html