Anche se non c'ho mai provato (non ho un HDD esterno USB) posso azzardare la risposta "certo che sì!".
Si tratterà di "montare" l'hdd stabilendo una root il tipo di fs e indicando al kernel qual'è il device usb (immagino /dev/sdX, con X=a,b,.....).
Fai un po' di prove....
Ciao!
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