[Khronos]

guarda che quello è l'unico modo, a meno che di formattare a basso livello e reinstallare windows riformattando il disco in NTFS. resta da capire come è cambiato da NTFS a FAT16 (cosa impossibile da farsi, non centrano niente l'un l'altro)
scarica i tool di diagnostica dal sito del produttore del tuo harddisk e provali sul pc che non va, avviando il cd da boot (il bios parte, no?)
invece, per ripristinare il boot, è più bello e immediato fare una cosa del genere:
avvii il pc col cd di windows. vai in console di ripristino quando te lo chiede (digita R)
poi digiti questi comandi in successione, eseguendoli e facendo ciò che ti chiede
fixboot
fixmbr
bootcfg /rebuild

uno dei 3 è inutile se non hai mai installato un sistema operativo diverso da windows, ma ai fini di una ricostruzione completa dei settori (per provare se sono danneggiati) può essere indispensabile tentare di eseguirlo (tanto il risultato è comunque il ritorno al boot di windows).
ciau